Durante la década de los 40, Booz Allen prepara a la nación para la guerra, y luego para la paz.1940 El Ministro de la Marina, Frank Knox le pide a la firma que ayude a preparar a la Marina de los EE.UU. para la guerra. Durante la guerra, los "Ingenieros Administrativos" se abren camino por los laberintos burocráticos para obtener resultados rápidos.
1942 Fry deja la sociedad después de disentir acerca del futuro del trabajo para el gobierno.
1943 La empresa se convierte en Booz Allen Hamilton.
1944 La empresa empieza a ayudar a compañías para efectuar trabajos civiles y para prever el auge repentino para "reemplazar enseres" en los años de posguerra.
1945 Jim Allen es nombrado Presidente del Comité Ejecutivo.
1947 La empresa obtiene el primer contrato de la Fuerza Aérea de los EE.UU., el "Trabajo de Wright Field"; ello conduce a obtener contratos con la Fuerza Aérea para inteligencia electrónica y con importantes constructores de la industria aeronáutica.
1947 El personal consta de más de 100 empleados.
1947 Los contratos con la firma llegan a los 2 millones de dólares.